O fracasso na luta por se tornar uma pessoa melhor faz Deadpool voltar a vida de mercenário. Com isso ele procura os conselhos do psiquiatra Dr. Bong, que o aconselhou a trabalhar suas dificuldades em uma luta contra Wolverine. O combate claramente efetivou uma melhora na mente de Deadpool, mas sua psique foi abalada pela ressurreição de Mercedes Wilson, que Deadpool ainda acreditava ser sua esposa. T-Ray revela que era responsável não apenas pela ressurreição, mas que também era o verdadeiro Wade Wilson. A revelação não quebrou o espírito de Deadpool como T-Ray esperava e este fugiu com Mercedes Wilson.
Numa missão para assassinar Duncan Vess, entrou novamente em combate contra Wolverine, que sente que há algo estranho sobre Vess. A dupla enfrentou os soldados de Vess e o próprio após ser revelado que esse se tratava de um lobisomem. Semanas depois, Deadpool passa a procurar tratamento médico para Siryn, que havia sido gravemente ferida numa missão com a X-Force. Ele se alia a misteriosa organização Watchtower e captura Wolverine em troca de tratamento para Siryn. Siryn foi curada enquanto Wolverine facilmente fugiu de seus captores.
Na busca por um lugar para morar, Deadpool brevemente dividiu um apartamento com os mercenários Titania e Constritor. Entretanto Titania revelou ser Mímica disfarçada e o apartamento foi destruído pelo Mago e o Treinador, ambos em busca de vingança. Pouco depois, Deadpool estabeleceu seu quartel-general num armazém e arrumou um parceiro mirim que se chamava Kid Deadpool, mas o garoto, buscando vingança pela participação de Deadpool na morte de seu pai, explodiu o lugar. Deadpool é rastreado por Dentes-de-Sabre e convidado a se unir ao novo Programa Arma X. Impressionado com upgrade que a organização efetua em seu fator de cura, aceita a oferta, mas logo nota que os métodos do Arma X eram sanguinários demais até para ele.
Mímica é morta pelas mãos de Dentes-de-Sabre, Deadpool confronta o Diretor, apenas para ter seu fator de cura revertido a um ponto em que seu corpo perdeu coesão física e ele morreu. Nesse período, Wade tem um revival com um caso amoroso antigo, a Morte. O upgrade no fator de cura demorou, mas voltou a funcionar e ressuscitou Deadpool, porém deixando-o amnésico. Um encontro com Fuinha logo restaurou sua memória e ele descobriu quatro indivíduos que clamavam o nome “Deadpool” para si. Os impostores eram na verdade aspectos da sua personalidade que haviam ganho vida própria graças a um aparelho chamado Gemini Star, controlado pelo nêmesis de Deadpool, T-Ray. T-Ray havia sido contratado pelo vilão intergalático Thanos, que tinha uma relação com a Morte e estava com ciúmes. T-Ray planejava manifestar e extinguir cada aspecto da personalidade de Deadpool, transformando-o numa casca vazia. Entretanto, Deadpool danificou o aparelho, fazendo com que os fragmentos de sua personalidade fossem absorvidos por T-Ray, deixando-o em estado comatoso. Com seu nemesis fora do caminho, Deadpool clamou a identidade de verdadeiro Wade Wilson para si mesmo.
